抗日战争爆发以后，国民党第五届中央全会第八次会议上决定，对盐、糖、酒、火柴、茶叶6种商品实行专卖，令饬财政部筹办。1942年5月13日国民政府颁布《战时烟类专卖暂行条例》，专卖给体制在后方各地推行，这可称作是中国历史上的第二次烟草专卖。
（一）烟草专卖之背景
自从清末对烟制品逐渐增加税收以来，烟草税收在全部财政收入中的地位显得越来越重要。抗战开始以后财政支绌，日益窘困，借专卖以充裕国库，实为实行专卖之主旨。同时，受到国际上许多国家实行烟草专卖之影响，加强了“寓禁于征”的政策。
战时卷烟生产及其市场有其特殊环境。国产烟卷之制造，多集中于上海、沈阳、哈尔滨、香港、汉口、天津等地，随着这些大城市相继沦陷，运销多遭封锁。同时，人口向内地转移，后方之卷烟货源枯竭，供不应求。然而，后方烟叶资源极为丰富，虽然制造技术未奠基础，但受市场需求之激发，各地手工卷烟、土制雪茄和小卷烟厂如雨后春笋，遍地开花，卷烟工业畸形发展。虽然就烟制品产量而言甚为可观，可弥补供应之不足，但设备简陋，组织涣散，产品低劣，而且由于运输之困难和中间商人之盘剥，出厂价和零售价往往相差两倍以上，不仅大量漏税，影响财政收入，而且损害消费者利益。在这种情况下，政府可以冠冕堂皇地声明集中管理，提高产品质量，推行专卖制度。
1941年5月，财政部设立全国专卖事业设计委员会，负责筹划各项专卖业务之实施。次年2月，设烟类专卖筹备处，负责研究设计烟类专卖各项法规。5月，该处奉国民政府令，公布《战时烟类专卖暂行条例》，同时成立烟类专卖局，隶属财政部。6月，召开第一次董事会议，决议各项附属法规，并决定先在咱、康、鄂西区实施。
（二）专卖法规之要点
根据《战时烟类专卖暂时条例》之规定，各项管理措施之要点如下：烟叶种植：由专卖局指定区域，生产者报请专卖局核准登记，并向专卖局申请生产所用之贷款，所产烟叶由专卖局按“分段规定价格收购之”。卷烟生产：除国家设厂外，凡商人设制造厂应报专卖核准登记，其生产种类、数量、商标、包装等亦应报请专卖局核准登记，其产品“全部缴由专卖局收购”，“但品质不合规定标准者，得令其更为适当处理后收购之。”卷烟用纸：除由国家设厂制造或进口外，凡商人制造、贩运、贮存应经专卖局核准并报财政部。制烟机械：凡制造、购运、贮存应报专卖局核准并报财政部。运销：专卖局购入之烟叶和烟制品，“按各地需要自行配运。必要时得委托商人或运输机关运输”。出运时实贴专卖凭证和核发准运单。“烟类承销商、零售商，应经专卖局核准登记给与凭照。价格；烟类之批发价格由专卖局按收购成本加专卖利益拟订，报财政部核定公告之：烟类承销商应按专卖局核定的价格出售。进口：专卖之烟类，不得由未施行专卖条例之区域输入。国外产制之烟类，未经政府之许可，不得擅自输入；队国家自行进口外，凡商人按规定由国外购入烟类，应向财政部请领特许凭证，关于进口时报请专卖局就海关核价收购之。
（三）专卖制度之推行
按照当时的设计，开办中国烟草专卖，是要借鉴欧洲及日本的经验，实现专卖之“真义”，好所谓完全意义上的专卖—对专卖品的生产、运输和销售等统一筹划，全归政府专营。战时烟草专卖条例及其各项实施细则，虽然对有关事项规定得相当详尽，但许多是脱离实际的，难以实现。其一，受财力之限制，政府不可能将烟草及其制品统统收购起来然后再分配发卖；其二，战时环境恶劣，运输极为困难。随着烤烟产区鲁、豫、皖等省相继沦陷，西南各制烟厂在生产能力上虽远不及东南沿海，但都有原料缺乏之虞。手工小卷烟厂遍布各地（在原料上多利用烟叶，就地取材），十分分散，有的地方大一些的村镇就有几家烟厂，制造卷烟科可以视作为农民的副业生产，政府很难以行政手段将他们集中管理起来。
综合当时主客观各方面条件，战时烟草专卖实难推行，其结果仅限于对专卖物品的暂时管制。惟贴印花收部一项，推行尚可，政府也从中得到收益。
专卖管理愈严，私运私销及偷漏等各种烟案也就层出不穷。下面摘录烟类专卖局遵照财政部之训令，于1943年7月11日对局直辖各办事处及各区局的训令（烟业运字第12702号），从中可见专卖管理之一斑。案奉财政部本年五月四日渝财缉查一字第四○四七三号训令内开：“缉私署案呈，据各省缉私处先后呈报，略以缉获案件，送经各主管机关处理，往往历时甚久，案悬不决。似此情形，不独影响国库收入，抑且有害缉务推行及政府威信，拟垦转函各有关机关，力求改善，以重缉政……查各省缉私处三十一（1942）年缉案统计数字，共为二万三千九百九十三案，已结者仅五千三百七十五案，未结者竟达一万八千六百一十八案之多。本年自元月份起截至二月份止，据各省处表报到署，经移送处理之缉案，共为五千五百九十五案，已结者更属寥寥无几……”
战时烟类专卖历时两年有余，共征收专卖利益1928188479元（含薰烟叶专卖利益在内）。1945年初，官僚集团内部矛盾空前激化，专卖体制本身也遇到一些难以克服的困难（诸如黑市问题），政府不得不调整税制，简化机构，废止专卖体制。财政部奉令后，于1945年1月29日饬重庆税务局接收重庆区专卖业务，改征统税。其他各局则于电到之日即予改征。不过，这时统税税率，仍照原征收专卖利益之规定，卷烟从价征收100%，手工卷烟及雪茄烟征收60%。
